1939 m. įsteigta Švenčionių antroji vidurinė mokykla rusų dėstomąja kalba.

      1963 m. mokykla persikėlė į naują pastatą.

     Nuo 1990 m. mokykloje prasideda atsakingas, kupinas vilties toliau bręsti, kurti ir tobulėti naujų darbų etapas. Į mokyklos gyvenimą daug permainų įnešė ne tik Lietuvos nepriklausomybės atkūrimas, bet ir tai, jog 1990 m. rugpjūčio 30 d. Švenčionių rajono Kultūros ir švietimo skyriaus vedėjo įsakymu Nr. 91 – K mokyklai ima vadovauti direktorius Jurij Semaško. Mokykla sparčiai keičiasi ir modernėja, nes įgyvendinamos naujos idėjos, ieškoma įvairesnių veiklos formų. ,,Įsiveržė” kompiuteriai, suteikdami naujų lavinimosi galimybių, nauji darbo metodai, ugdantys asmenybės savarankiškumą.

Vadovaujant direktoriui J. Semaško, daug dėmesio skiriama materialinės bazės plėtimui, įgyvendinti reikšmingi projektai.

1994 m. vadovaudamasis Lietuvos Respublikos Švietimo įstatymo 31 str., Švenčionių rajono valdybos švietimo skyrius įregistravo švietimo įstaigą – Švenčionių antrąją vidurinę mokyklą.

2001 m. rugsėjo 1 d. mokykloje pradėjo veikti priešmokyklinio ugdymo grupė lietuvių dėstoma kalba.

2004 m. kovo 9 d. mokykloje pradeda veikti visuomeninis muziejus (2004 m. vasario 12 d. direktoriaus įsakymas Nr. V – 26).

Švenčionių vidurinė mokykla yra vienintelė rajone dvikalbė mokykla, kurioje ugdymas vykdomas lietuvių ir rusų kalbomis. Iki 2001 m. mokykla vykdė ugdymą tik rusų mokomąja kalba. 2001 m. pradėjo dalyvauti Dvikalbio ugdymo projekte ir suteikė tėvams galimybes rinktis ugdymą ir lietuvių kalba.

Nuo 2012 m. pradėta Švenčionių rajono savivaldybės bendrojo ugdymo mokyklų tinklo pertvarka (Švenčionių rajono savivaldybės tarybos 2012 m. vasario 28 d. sprendimas Nr. T-36), pagal kurią nuo 2015 m. Švenčionių vidurinė mokykla taps progimnazija:

• Nuo 2012 – 2013 m. m. pradedama mokyklos vidaus struktūros pertvarka – nekomplektuojama priešmokyklinio ugdymo grupė (2011 – 2012 m. m. sukomplektuota priešmokyklinio ugdymo grupė tęsia mokslą vid. mokykloje), 9 ir 11 kl. lietuvių k.;
• Nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. nebevykdoma pagrindinio ugdymo programos antra dalis lietuvių k.;
• 2013 – 2014 m. m. nekomplektuojamos 1 klasės lietuvių ir rusų k.;
• 2014 – 2015 m. m. nekomplektuojamos 1, 2 kl. lietuvių ir rusų k., 9 ir 11 kl. rusų k.;
• Nuo 2015 m. rugsėjo 1 d. nebevykdoma pagrindinio ugdymo programos antra dalis rusų k. ir vidurinio ugdymo programa rusų k..

2010 m. buvo atlikta mokyklos sporto salės renovacija.

Nuo 2012 – 2013 m. m. pradėta mokyklos vidaus struktūros pertvarka – nekomplektuojamos priešmokyklinio ugdymo grupė, 9 ir 11 klasės lietuvių mokomąja kalba.

Nuo 2013-2014 m. m. nekomplektuojamos 1 klasės lietuvių ir rusų k., nebevykdoma pagrindinio ugdymo programos antra dalis lietuvių mokomąja kalba.

Pagal Lietuvos 2007-2013 metų Europos Sąjungos paramos panaudojimo strategiją ir Sanglaudos skatinimo veiksmų programos priemonę ,,Viešosios paskirties pastatų renovavimas nacionaliniu lygiu“ Švenčionių vidurinės mokyklos rekonstravimas atliktas 2010 m.

2015 m. sausio mėn. pradėtas mokyklos renovacijos II etapas.

2015 m. rugsėjo mėn. reorganizavus Švenčionių vidurinę mokyklą mokykla gavo progimnazijos statusą.

Nuo 2016 m. progimnazijoje mokiniai dėvi mokyklinę uniformą.

2017 m. rugsėjį baigti didieji renovacijos darbai. Pakeisti pastato langai, stogas, durys, apšiltintos ir išdažytos lauko sienos, rekonstruotos energetinės sistemos, sanitariniai mazgai. Renovuoti ir visiškai įrengti 25 kabinetai, administracijos, pagalbos mokiniui specialistų patalpos, biblioteka, skaitykla, muziejus, knygų saugykla, archyvas, naujose patalpose įsikūrusi ir visiškai nauja įranga ir baldais aprūpinta šviesi ir jauki valgykla bei technologijų kabinetas, puiki aktų salė, šviesios ir patogios rūbinės.

Progimnazijoje į ugdymo turinį integruota technologijomis grindžiama veikla. Šiuo metu progimnazijoje mokymo procese sėkmingai naudojama inovatyvi įranga ir priemonės: interaktyvūs ekranai, „Robotel“ kalbų laboratorija, virtualių darbo vietų įrenginiai (kompiuteris-serveris, monitoriai ir kt.), belaidė audio sistema (kolonėlė, belaidis mikrofonas, belaidis mėtomas mikrofonas), lazerinės staklės, VEX IQ Super Kit robotai ir arenos, 3D projektoriai, 3D spausdintuvai, skaitmeninis 3D vaizdo mokymosi turinys, VEB vaizdo kamera, interaktyvios lentos (SMART, Promethean), planšetiniai kompiuteriai, planšečių pakrovimo/saugojimo spintelė, ,,Aktyvios klasės“ įranga (interaktyvios lentos, aktyvaus atsako sistema-pulteliai), daugiafunkcinės mini medžio apdirbimo staklės, vaizdo stebėjimo sistema, elektroninis skambutis. Įrengta Kalbų laboratorija, Virtuali klasė, Edukacinė laboratorija.